旧《条例》第二十七条明文规定，凡已经办理登记的软件，在软件权利发生转让活动时，受让方应当在转让合同正式签订后3个月内向软件登记管理机构备案，否则不能对抗第三者的侵权活动。该条颁布实施时曾经在实践中引起争议：一种观点认为，软件转让合同如果在3个月内不予备案，则转让合同不发生法律效力，即使是已经实际履行的也不影响合同的无效;另一种观点则认为，软件转让合同虽然没有备案，但是在软件转让合同双方当事人之间转让已经发生法律效力，不过不能对抗第三人。

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