实质审查是商标注册主管机关对商标注册申请是否合乎商标法的规定所进行的检查、资料检索、分析对比、调查研究并决定给予初步审定或驳回申请等一系列活动。

(一)拒绝商标注册的绝对理由的审查，即审查申请的商标是否违反禁用条款、是否具有显著特征；

(二)拒绝商标注册的相对理由的审查，即审查申请的商标与在先权利是否的冲突，故也称新颖性审查。

实质审查是指行政机关不仅要对申请材料的要件是否具备进行审查，还要对申请材料的实质内容是否符合条件进行审查。对于申请的实质审查，有的可以采取书面审查的方式，即通过申请材料的陈述了解有关情况，进行审查，但有的实质审查还需要进行实地核查，才能确认真实情况。