债权凭证制度的出台曾一度被认为是医治“执行难”的良方，但是由于它存在本质上的缺陷，它的弊端在实施不长时间内就暴露出来，主要体现在实体上、程序上和社会效果三方面上，具体如下：

实体弊端

(1)债权凭证制度缺乏法律和理论依据。根据“最高法院关于转发浙江高院的意见”指出，浙江高院系根据《中华人民共和国民事诉讼法》的有关精神及《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)》而制定。但实际上不管是《中华人民共和国民事诉讼法》还是《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)》均无债权凭证的 规定或有关精神。债权凭证制度是一种案件终结执行的制度。“民诉法”第235条规定，案件执行终结类型有：申请人撤销申请;据以执行的法律文书被撤销;作为被执行人的公民死亡无遗产可供执行;追索赡养费、抚养费、抚育费案件的权利人死亡;作为被执行的公民因生活困难无力偿还借款又丧失劳动能力的。这些规定都从责任自负原则出发，指明终结执行的基本条件是权利义务已经消灭。前两种类型是因权利被撤销消灭，第三、四种类型是因主体不存在而消灭。第五种是因为保护人道主义的需要而消灭。这些规定都以权利义务根本消灭为特征。而债权凭证是在权利义务尚存在的情况下、在被执行人暂无法履行的情况下发放的，不符合权利义务根本消灭的特征。有一种观点认为民诉法还有“其它应当终结执行的情形”规定。但是从终结执行是权利义务根本消灭的精神的出发，法院虽然可以对“其它应当终结执行的情形”列出更加具体的类型，但是法院作出的规定也都必须符合权利义务根本消灭的特征，否则，就属越权的解释与做法，缺乏法律依据。

同样债权凭证亦缺乏理论依据。中国民诉法关于法律文书的称谓有着严格的界定，各种法律文书都有特定的含义。判决书解决实体问题，裁定书解决程序问题，决定书解决其它问题。债权凭证的出现从理论上打乱了法律文书的体系，使法律文书的内涵出现混乱。有一种意见认为债权凭证的性质属公证文书，但法院作为公证文书的发放主体更是值得怀疑。因此债权凭证亦没有理论根据。

(2)债权凭证剥夺了当事人依法享有主张利息的权利。根据中国《合同法》等实体法的规定被执行人迟延履行的应当支付双倍利息，最高人民法院为此制定了“关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》若干问题的意见(试行)”。该意见第293、294条规定，迟延履行期间的利息或迟延履行金自判决、裁定和其它法律文书指定的履行期间届满的次日起计算;加倍支付迟延的债务利息按同期贷款利率计付的债务利息上增加一倍。而一旦法院发放了债权凭证，原已生效判决被法院终结执行，一方当事人据以要求对方履行的依据被撤销，申请执行人就不能依据上述规定要求对方当事人支付利息。由于法院发放债权凭证的行为，不可避免地侵害了申请执行人原本享有主张利息的权利。实践中为了对当事人原本享有的权利进行救济采取了一种做法是在债权凭证中直接注明利息依法计算或按双倍计算。对于依法计算，基于一方当事人据以要求对方履行的依据被撤销的同样道理，依法计算的结果是利息为零。而对债权凭证可直接赋予双倍计息的做法，又缺乏理论与法律上的依据。有一种观点认为，实践中是先发债权凭证后终结执行，因此依据未被撤销，仍可按民诉法双倍计息。这种观点表面上看似有道理，但实际上是不可能存在的。因为从理论说，哪怕债权凭证允许发放，债权凭证与终结执行也必须同时进行。道理很简单，如果先发债权凭证后终结执行，在终结执行前发放债权凭证之后这个期间内，申请执行人就享有双份权利，既享有依债权凭证的权利，同时也享有依判决确定的权利;如果先终结执行后发债权凭证，在终结执行后发债权凭证前这一时间内就彻底剥夺了申请执行人的权利。因此，债权凭证剥夺了当事人依法享有主张利息的权利，侵犯申请执行人的合法权益。

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