根据《婚姻法》第31条和婚姻登记办法》的规定，男女双方协议离婚程序是依法办理离婚登记。离婚登记是夫妻双方自愿离婚的必须程序。它是由婚姻登记机关依照行政程序办理的。

办理离婚登记的机关，在农村是乡、镇人民政府，在城市是街道办事处或区人民政府，不设区的市人民政府。男女双方自愿离婚，并对子女抚养和财产处理达成协议的，必须双方亲自到一方户口所在地的婚姻登记机关申请离婚登记。

要求离婚的男女双方，应持居民身份证或者户口证明和《结婚证》，共同到婚姻登记机关办理手续。双方任何一方，都不能委托他人代办离婚手续。双方要按照婚姻登记机关的要求，填写离婚申请书。

婚姻登记机关的工作人员在接受当事人离婚申请时，应当把《婚姻法》中关于离婚的规定，向当事人讲清楚。双方当事人应当如实告诉有关情况;工作人员在审查中必须查明以下五个问题：

(1)离婚申请人双方是否都有行为能力。如果发现双方或一方无行为能力，不予登记，告诉通过诉讼程序解决离婚问题。

(2)离婚是否确实处于双方自愿。包括是否出于偶尔争执，一时气愤，是否一方或第三者欺骗或者胁迫他方而取得的表面同意;是否双方为了达到规避法律或者政策的目的，而虚伪离婚等。

(3)对子女问题是否已适当处理。包括子女归哪一方抚养;抚养费的负担是否合理;抚养费给付办法是否妥当;双方协议的内容是否有利于子女的健康成长。

(4)对财产问题是否已有适当处理。包括对双方夫妻共同财产分割是否合理;双方对个人财产有无纠葛;共同生活所负的债务是否已经清偿，如果共同财产不足清偿;那么今后如何清偿。

(5)如果一方生活确有实际困难，双方是否就经济帮助问题达成协议，其给付办法是否妥当。

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