扣除基数有变化
原内资税法规定的扣除基数为计税工资总额，《国家税务总局关于修订企业所得税纳税申报表的通知》(国税发〔2006〕56号)第四条对于工会经费的扣除基数作了明确解释，“《国家税务总局关于工会经费税前扣除问题的通知》(国税函〔2000〕678号)中所称每月全部职工工资，是指按税收规定允许税前扣除的工资额。该数额是允许税前扣除的工会经费的计算基数。”
外资企业规定的扣除基数为职工实发工资总额，《中华人民共和国外资企业法实施细则》第六十九条规定，“外资企业每月按照企业职工实发工资总额的2%拨交工会经费，由本企业工会依照中华全国总工会制定的有关工会经费管理办法使用。”
新企业所得税法下的扣除基数为工资薪金总额，《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第四十一条规定“企业拨缴的工会经费，不超过工资薪金总额2%的部分，准予扣除”。而根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十四条对于工资薪金有着明确的规定，即：“工资薪金，是指企业每一纳税年度支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出。”可以看出，随着工资薪金范围的扩大，工会经费的扣除基数也一并提高。
扣除须有专用收据
2000年，国家税务总局下发的《关于工会经费税前扣除问题的通知》(国税函〔2000〕678号)中规定，建立工会组织的企业、事业单位、社会团体，按每月全部职工工资总额的2%向工会拨交的经费，凭工会组织开具的《工会经费拨缴款专用收据》在税前扣除。凡不能出具《工会经费拨缴款专用收据》的，其提取的职工工会经费不得在企业所得税前扣除。
2005年，中华全国总工会和国家税务总局联合下发了《关于进一步加强工会经费税前扣除管理的通知》(总工发〔2005〕9号)，对工会经费的税前扣除作了进一步明确：凡依法建立工会组织的企业、事业单位以及其他组织，每月按照全部职工工资总额的2%向工会拨缴工会经费，并凭工会组织开具的工会经费拨缴款专用收据在税前扣除。
新企业所得税法实施条例中对此问题也明确提出了“拨缴”的概念。在此提醒企业：在扣除工会经费时一定要注意工会经费的扣除需凭专用收据才行。
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